Posługiwanie się e-podpisem w postępowaniu przed sądami administracyjnymi jest niedopuszczalne - wynika z analizy orzecznictwa sądowego.

Podpis elektroniczny ma ułatwiać życie podatnikom i obywatelom. Zgodnie z informacjami podawanymi przez centra certyfikacji, które wydają m.in. bezpieczne e-podpisy z kwalifikowanym certyfikatem, cechą certyfikatu kwalifikowanego jest gwarancja prawna zrównania takiego certyfikatu z podpisem odręcznym. Takie przepisy pozwalają więc podpisywać deklaracje podatkowe podpisem elektronicznym lub informacje składane w ZUS. Jak się jednak okazuje, podpisem elektronicznym, nawet tym z kwalifikowanym certyfikatem, nie można podpisać zażalenia na postanowienie sądu administracyjnego.
Jak wynika z jednego z najnowszych postanowień NSA (sygn. akt I OZ 673/08, postanowienie prawomocne) oraz postanowienia WSA w Krakowie (sygn. akt II SA/Kr 1125/05, nieprawomocne) posługiwanie się podpisem elektronicznym w postępowaniu sądowym jest niedopuszczalne. Rodzi to dla firm, które wnoszą np. zażalenia na postanowienie sądu, poważne konsekwencje.
Oznacza to bowiem, że jedynie podpisanie zażalenia podpisem własnoręcznym posiada moc prawną. Podpisanie dokumentu e-podpisem z kwalifikowanym certyfikatem spowoduje, że sąd wezwie skarżącego do usunięcia braków formalnych przez złożenie podpisu przez osoby uprawnione. Jeśli zażalenie zostanie podpisane e-podpisem z kwalifikowanym certyfikatem, to skarżący lub jego pełnomocnik naraża się na odrzucenie pisma ze względu na braki formalne. Konsekwencje odrzucenia pisma mogą być bardzo poważne dla skarżącego, ponieważ traci on możliwość odwołania się od postanowienia sądu
Sądy administracyjne, które nie uznają pism podpisanych e-podpisem z kwalifikowanym certyfikatem, wyjaśniają, że podpis elektroniczny nie jest podpisem, o którym mowa w art. 46 par. 1 pkt 4 prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (p.p.s.a.). Zgodnie z nim każde pismo strony powinno zawierać oznaczenie sądu, do którego jest skierowane, imię i nazwisko lub nazwę stron, ich przedstawicieli ustawowych i pełnomocników, oznaczenie rodzaju pisma, osnowę wniosku lub oświadczenia, podpis strony albo jej przedstawiciela ustawowego lub pełnomocnika oraz wymienienie załączników.
Zdaniem NSA przepisy ustawy o podpisie elektronicznym nie mają zastosowania do podpisywania pism w postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Zgodnie z art. 5 ust. 1 bezpieczny podpis elektroniczny weryfikowany przy pomocy kwalifikowanego certyfikatu wywołuje skutki prawne określone ustawą, jeżeli został złożony w okresie ważności tego certyfikatu. Naczelny Sąd Administracyjny dowodzi, że przepis odsyła do ustaw szczegółowych, które dopuszczają posługiwanie się podpisem elektronicznym w określonych sytuacjach, ponieważ w polskim prawie nie ma przepisu, który generalnie zrównywałby podpis elektroniczny z podpisem własnoręcznym.
Wśród ustaw dopuszczających stosowanie e-podpisu znajdują się np. kodeks cywilny i kodeks postępowania administracyjnego. NSA podkreśla jednak, że przepisy te dotyczą wyłącznie zakresu, jaki reguluje dana ustawa. W p.p.s.a. natomiast nie ma odpowiednika art. 60 i art. 78 par. 2 k.c. oraz art. 57 par. 1 i art. 63 par. 3a k.p.a. Co więcej, w prawie o postępowaniu przed sądami administracyjnymi pojęcie podpis elektroniczny w ogóle się nie pojawia.